Les cils et les flagelles ont un noyau composé de microtubules qui sont connectés à la membrane plasma et arrangé dans ce qui est connu comme Modèle 9 + 2. Le motif est ainsi nommé car il se compose d'un anneau de neuf ensembles appariés de microtubules (doublets) qui encerclent deux singuliers microtubules. Ce faisceau de microtubules dans un arrangement 9 + 2 est appelé un axonème. La base des cils et des flagelles est reliée à la cellule par des centriole structures appelées corps basaux. Le mouvement se produit lorsque les neuf paires de microtubules de l'axonème glissent les unes contre les autres, provoquant la flexion des cils et des flagelles. La dynéine, une protéine motrice, est responsable de la génération de la force nécessaire au mouvement. Ce type d'organisation se retrouve dans la plupart des cils et flagelles eucaryotes.
La fonction principale des cils et des flagelles est le mouvement. Ils sont le moyen par lequel de nombreux organismes unicellulaires et multicellulaires microscopiques se déplacent d'un endroit à l'autre. Beaucoup de ces organismes se trouvent dans des environnements aqueux, où ils sont propulsés par le battement des cils ou l'action fouettée des flagelles.
Protistes et les bactéries, par exemple, utilisez ces structures pour vous déplacer vers un stimulus (nourriture, lumière), loin d'un stimulus (toxine), ou pour maintenir leur position dans un emplacement général. Dans les organismes supérieurs, les cils sont souvent utilisés pour propulser les substances dans la direction souhaitée. Cependant, certains cils ne fonctionnent pas en mouvement mais en détection. Cils primaires, trouvé dans certains organes et les navires, peuvent détecter les changements des conditions environnementales. Cellules tapissant les murs de vaisseaux sanguins illustrer cette fonction. Les cils primaires des cellules endothéliales des vaisseaux sanguins surveillent la force de du sang couler à travers les vaisseaux.Les cils et les flagelles se trouvent dans de nombreux types de cellules. Par exemple, le sperme de nombreux animaux, algues, et même les fougères ont des flagelles. Les organismes procaryotes peuvent également posséder un seul flagelle ou plus. Une bactérie, par exemple, peut avoir: un flagelle situé à une extrémité de la cellule (riche), un ou plusieurs flagelles situés aux deux extrémités de la cellule (amphitriches), plusieurs flagelles à une extrémité de la cellule (lophotrichous), ou des flagelles répartis tout autour de la cellule (péritricheux). Cilia peut être trouvée dans des domaines tels que le voies respiratoires et appareil reproducteur féminin. Dans les voies respiratoires, les cils aident à balayer le mucus contenant de la poussière, des germes, pollenet autres débris éloignés du poumons. Dans l'appareil génital féminin, les cils aident à balayer les spermatozoïdes en direction de l'utérus.