Certaines organisations peuvent avoir des liens opérationnels avec le groupe central d'Oussama Ben Laden. De plus en plus, cependant, les groupes qui prêtent allégeance à Al-Qaïda n'ont aucune association formelle.
Alors que de nombreux analystes utilisent la métaphore du marketing pour décrire Al-Qaïda comme une «marque» et ses ramifications comme des «franchises», d'autres décrivent le phénomène de la décentralisation en termes de groupe central de professionnels, entouré de nouveaux membres dans les affiliés «de la base».
Cette décentralisation est une conséquence de la stratégie et non un accident, selon l'analyste Adam Elkus. En 2007, il a écrit ceci:
Al-Qaïda a évolué vers la décentralisation depuis l'invasion de l'Afghanistan, avec des cellules isolées et des groupes faiblement affiliés qui n'ont qu'un lien ténu avec le une plus grande hiérarchie d'Al-Qaïda puisant dans certains de ces groupes de «rejet» proviennent de groupes militants préexistants engagés dans une certaine version de la transformation islamiste de leur société. En Algérie, par exemple, Al-Qaïda au Maghreb islamique est une nouvelle incarnation d'un autre groupe, le salafiste Group for Call and Combat, qui s'est engagé depuis longtemps et violemment à renverser l'Algérien gouvernement. L'engagement soudain du groupe envers le djihad mondial «de style Al Qaeda-» doit être pris avec un grain de sel ou, à tout le moins, examiné à la lumière de son histoire locale.