De nombreux composés sont purifiés par cristallisation dans une solution aqueuse. Le cristal exclut de nombreux contaminants, cependant, l'eau peut entrer dans le réseau cristallin sans être liée chimiquement au cation du composé. L'application de chaleur peut chasser cette eau, mais le processus endommage généralement la structure cristalline. C'est très bien, si le but est d'obtenir un composé pur. Cela peut être indésirable lors de la croissance de cristaux pour la cristallographie ou à d'autres fins.
Parfois, les deux formes sont combinées. Par exemple, [Cu (H2O)4]DONC4· H2O peut être utilisé pour décrire l'eau de cristallisation du sulfate de cuivre (II).
L'eau est une petite molécule polaire qui est facilement incorporée dans les réseaux cristallins, mais ce n'est pas le seul solvant trouvé dans les cristaux. En fait, la plupart des solvants restent, plus ou moins, dans le cristal. Un exemple courant est le benzène. Afin de minimiser l'effet d'un solvant, les chimistes essaient généralement d'éliminer autant que possible en utilisant une extraction sous vide et peuvent chauffer un échantillon pour éliminer le solvant résiduel. La cristallographie aux rayons X peut souvent détecter un solvant dans un cristal.