Les acides aminés sont un type d'acide organique qui contient à la fois un groupe carboxyle (COOH) et un groupe amino (NH2). La formule générale d'un acide aminé est donnée ci-dessous. Bien que la structure à charge neutre soit couramment écrite, elle est inexacte car le COOH acide et le NH basique2 les groupes réagissent entre eux pour former un sel interne appelé zwitterion. Le zwitterion n'a pas de charge nette; il y a un négatif (COO-) et un positif (NH3+) charge.
Il y a 20 acides aminés dérivés de protéines. Bien qu'il existe plusieurs méthodes pour les classer, l'une des plus courantes consiste à les regrouper en fonction de la nature de leurs chaînes latérales.
Il y en a huit acides aminés à chaînes latérales non polaires. La glycine, l'alanine et la proline ont de petites chaînes latérales non polaires et sont toutes faiblement hydrophobes. La phénylalanine, la valine, la leucine, l'isoleucine et la méthionine ont des chaînes latérales plus grandes et sont plus fortement hydrophobes.
Il existe également huit acides aminés avec des chaînes latérales polaires non chargées. La sérine et la thréonine ont des groupes hydroxyle. L'asparagine et la glutamine ont des groupes amides. L'histidine et le tryptophane ont des chaînes latérales amines aromatiques hétérocycliques. La cystéine a un groupe sulfhydryle. La tyrosine a une chaîne latérale phénolique. Le groupe sulfhydryle de la cystéine, le groupe hydroxyle phénolique de la tyrosine et le groupe imidazole de l'histidine présentent tous un certain degré d'ionisation dépendant du pH.
Il y a quatre acides aminés avec des chaînes latérales chargées. L'acide aspartique et l'acide glutamique ont des groupes carboxyle sur leurs chaînes latérales. Chaque acide est entièrement ionisé à pH 7,4. L'arginine et la lysine ont des chaînes latérales avec des groupes amino. Leurs chaînes latérales sont entièrement protonées à pH 7,4.