Dans certaines régions, comme le sud de l'Inde, les royaumes hindous se sont maintenus et ont même repoussé la marée musulmane. Le sous-continent a également fait face à des invasions de célèbres conquérants d'Asie centrale Gengis Khan, qui n'était pas musulman, et Timur ou Tamerlan, qui l'était.
Cette période a été un précurseur de l'ère moghole (1526–1857). le Empire moghol a été créé par Babur, un prince musulman originaire d'Ouzbékistan. Sous Mughals plus tard, en particulier Akbar le Grand, les empereurs musulmans et leurs sujets hindous ont atteint une compréhension sans précédent et ont créé un état multiculturel, multiethnique et religieux diversifié magnifique et florissant.
En 1206, un ancien Mamelouk esclave nommé Qutbubuddin Aibak a conquis le nord de l'Inde et a fondé un royaume. Il s'est nommé sultan de Delhi. Aibak était un locuteur turc d'Asie centrale, tout comme les fondateurs de trois des quatre sultanats de Delhi suivants. Un total de cinq dynasties de sultans musulmans ont gouverné une grande partie du nord de l'Inde jusqu'en 1526, lorsque
Babur balayé d'Afghanistan pour fonder la dynastie moghole.En 1221, le sultan Jalal ad-Din Mingburnu a fui sa capitale à Samarkand, en Ouzbékistan. Son empire khwarezmide était tombé aux mains des armées avancées de Gengis Khan, et son père avait été tué, alors le nouveau sultan a fui vers le sud et l'est en Inde. Sur le fleuve Indus, dans l'actuel Pakistan, les Mongols ont attrapé Mingburnu et ses 50 000 soldats restants. L'armée mongole ne comptait que 30 000 hommes, mais elle plaqua les Perses contre la rive du fleuve et les décima. Il pourrait être facile de se sentir désolé pour le sultan, mais la décision de son père d'assassiner des envoyés mongols a été l'étincelle immédiate déclencher les conquêtes mongoles de l'Asie centrale et au-delà en premier lieu.
La dynastie Chola du sud de l'Inde a connu l'une des plus longues séries de dynasties de l'histoire de l'humanité. Fondé quelque temps dans les années 300 avant notre ère, il a duré jusqu'à l'an 1250 CE. Il n'y a aucune trace d'une seule bataille décisive; au lieu de cela, l'empire pandyan voisin a simplement grandi en force et en influence à un point tel qu'il a éclipsé et éteint progressivement l'ancien régime de Chola. Ces royaumes hindous étaient suffisamment loin au sud pour échapper à l'influence des conquérants musulmans venus d'Asie centrale.
En 1290, la dynastie mamelouke de Delhi est tombée et la dynastie Khilji s'est levée à sa place pour devenir la deuxième des cinq familles à diriger le sultanat de Delhi. La dynastie Khilji ne restera au pouvoir que jusqu'en 1320.
Au cours de leur bref règne de 30 ans, la dynastie Khilji a réussi à repousser un certain nombre d'incursions de l'empire mongol. La bataille finale et décisive qui a mis fin aux tentatives mongoles de prendre l'Inde a été la bataille de Jalandhar en 1298, dans laquelle l'armée Khilji a massacré quelque 20 000 Mongols et chassé les survivants de l'Inde pour bien.
En 1320, une nouvelle famille de sang mixte turc et indien prit le contrôle du sultanat de Delhi, commençant la période de la dynastie Tughlaq. Fondée par Ghazi Malik, la dynastie Tughlaq s'est étendue vers le sud sur le plateau du Deccan et a conquis la plupart du sud de l'Inde pour la première fois. Cependant, ces gains territoriaux n'ont pas duré longtemps. En 1335, le sultanat de Delhi s'était replié dans sa zone habituelle du nord de l'Inde.
Fait intéressant, le célèbre voyageur marocain Ibn Battuta a servi de qadi ou juge islamique au tribunal de Ghazi Malik, qui avait pris le nom de trône de Ghyasuddin Tughlaq. Il n'a pas été favorablement impressionné par le nouveau souverain de l'Inde, déplorant les diverses tortures utilisées contre les personnes qui n’ont pas payé leurs impôts, y compris les yeux arrachés ou le plomb fondu les gorges. Ibn Battuta était particulièrement consterné que ces horreurs aient été perpétrées contre des musulmans ainsi que des infidèles.
Alors que le pouvoir Tughlaq diminuait rapidement dans le sud de l'Inde, un nouvel empire hindou se précipita pour combler le vide du pouvoir. L'Empire Vijayanagara gouvernerait pendant plus de trois cents ans à partir du Karnataka. Il a apporté une unité sans précédent dans le sud de l'Inde, basée principalement sur la solidarité hindoue face à la menace musulmane perçue au nord.
Bien que les Vijayanagara aient pu unir une grande partie du sud de l'Inde, ils ont rapidement perdu le fertile plateau du Deccan qui s'étend sur la taille du sous-continent pour devenir un nouveau sultanat musulman. Le sultanat de Bahmani a été fondé par un rebelle turc contre les Tughlaqs appelé Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Il arracha le Deccan du Vijayanagara et son sultanat resta fort pendant plus d'un siècle. Dans les années 1480, cependant, le sultanat de Bahmani a connu une forte baisse. En 1512, cinq petits sultanats étaient rompus. Quinze ans plus tard, l'État central de Bahmani avait disparu. Dans d'innombrables batailles et escarmouches, les petits États successeurs ont réussi à conjurer la défaite totale de l'Empire Vijayanagar. Cependant, en 1686, l'empereur impitoyable Aurengzeb des Moghols ont conquis les derniers vestiges du sultanat bahmani.
Le sultanat de Madurai, également connu sous le nom de sultanat de Ma'bar, était une autre région gouvernée par les Turcs qui s'était libérée du sultanat de Delhi. Situé au sud du Tamil Nadu, le sultanat de Madurai n'a duré que 48 ans avant d'être conquis par le royaume de Vijayanagara.
Le quatorzième siècle du calendrier occidental s'est terminé dans le sang et le chaos pour la dynastie Tughlaq du sultanat de Delhi. Le conquérant assoiffé de sang Timur, également connu sous le nom de Tamerlan, a envahi le nord de l'Inde et a commencé à conquérir les villes des Tughlaqs une par une. Les citoyens des villes sinistrées ont été massacrés, leurs têtes coupées empilées en pyramides. En décembre 1398, Timur a pris Delhi, pillant la ville et massacrant ses habitants. Les Tughlaq conservèrent le pouvoir jusqu'en 1414, mais leur capitale ne se remit pas de la terreur de Timur pendant plus d'un siècle.