Le premier contact entre les deux pays a été par le biais de marchands et d'explorateurs. Plus tard au milieu des années 1800, plusieurs représentants des États-Unis se sont rendus au Japon pour négocier des accords commerciaux, y compris le commodore Matthew Perry en 1852, qui a négocié la premier traité commercial et le Convention de Kanagawa. De même, une délégation japonaise est venue aux États-Unis en 1860 dans l'espoir de renforcer les relations diplomatiques et commerciales entre les deux pays.
La Seconde Guerre mondiale ont vu les pays s'affronter après que les Japonais ont bombardé la base navale américaine de Pearl Harbor, à Hawaï, en 1941. La guerre a pris fin en 1945 après que le Japon a subi d'énormes causalités de la bombardement atomique d'Hiroshima et de Nagasaki et la bombardement de Tokyo.
Le 14 août 1945, le Japon se rend, entraînant une occupation par les forces alliées victorieuses. Après avoir pris le contrôle du Japon, le président américain Harry Truman nommé général
Douglas MacArthur en tant que commandant suprême des puissances alliées au Japon. Les forces alliées ont travaillé à la reconstruction du Japon, ainsi qu'à la consolidation de la légitimité politique en se tenant publiquement du côté de l'empereur Hirohito. Cela a permis MacArthur de travailler au sein du système politique. À la fin de 1945, environ 350 000 militaires américains étaient au Japon et travaillaient sur une grande variété de projets.Sous contrôle allié, le Japon a entrepris une transformation remarquable caractérisée par la nouvelle constitution du Japon qui mettait l'accent sur les principes démocratiques, la réforme de l'éducation et de l'économie et la démilitarisation qui était inscrite dans la nouvelle constitution japonaise. Au fur et à mesure des réformes, MacArthur a progressivement transféré le contrôle politique aux Japonais, aboutissant au traité de San Francisco de 1952 qui a officiellement mis fin à l'occupation. Ce cadre a été le début d'une relation étroite entre les deux pays qui perdure jusqu'à ce jour.
La période qui a suivi le traité de San Francisco a été caractérisée par une coopération étroite entre les deux pays, avec 47 000 militaires américains restant au Japon sur invitation des Japonais gouvernement. La coopération économique a également joué un rôle important dans les relations avec les États-Unis, qui ont fourni au Japon d'importantes quantités d'aide dans l'après-guerre, le Japon étant devenu un allié dans le Guerre froide. Le partenariat a entraîné la réémergence de l'économie japonaise qui reste l'une des économies les plus solides de la région.