La rébellion armée contre Assad a d'abord été organisée par des transfuges de l'armée qui, à l'été 2011, ont créé l'armée syrienne libre. Leurs rangs se sont rapidement gonflés de milliers de volontaires, certains voulant défendre leurs villes contre la brutalité du régime, d'autres sont également poussés par l'opposition idéologique à la dictature laïque d'Assad.
Bien que l'opposition politique dans son ensemble représente un échantillon représentatif de la société religieusement diversifiée, la rébellion armée est principalement motivée par le Majorité arabe sunnite, en particulier dans les régions provinciales à faible revenu. Il y a aussi des milliers de combattants étrangers en Syrie, des musulmans sunnites de différents pays qui sont venus rejoindre diverses unités rebelles islamistes.
Jusqu'à présent, le soulèvement n'a pas réussi à produire un programme politique global décrivant l'avenir de la Syrie. Les rebelles partagent un objectif commun de renverser le régime d'Assad, mais c'est tout. La grande majorité de l'opposition politique syrienne dit vouloir une Syrie démocratique, et de nombreux rebelles conviennent en principe que la nature du système post-Assad devrait être décidée lors d'élections libres.
Mais il y a un fort courant d'islamistes sunnites purs et durs qui veulent établir un État islamique fondamentaliste (un peu comme Mouvement taliban en Afghanistan). D'autres islamistes plus modérés sont prêts à accepter le pluralisme politique et la diversité religieuse. En tout cas, les laïcs convaincus prônant une stricte division de la religion et de l'État sont une minorité dans les rangs rebelles, la plupart des milices arborant un mélange de nationalisme syrien et de slogans islamistes.
L'absence de direction centrale et de hiérarchie militaire claire est l'une des principales faiblesses du mouvement rebelle, suite à l'échec de l'armée syrienne libre à mettre en place un commandement militaire officiel. Le plus grand groupe d'opposition politique de la Syrie, la Coalition nationale syrienne, n'a pas non plus d'influence sur les groupes armés, ce qui ajoute à l'intraçabilité du conflit.
Environ 100 000 rebelles sont divisés en centaines de milices indépendantes qui peuvent coordonner les opérations sur le local mais conservent des structures organisationnelles distinctes, avec une intense rivalité pour le contrôle du territoire et Ressources. Les milices individuelles fusionnent lentement en coalitions militaires plus grandes et plus lâches - comme le Front de libération islamique ou le Front islamique syrien - mais le processus est lent.
Divisions idéologiques telles qu'Islamist vs. les laïcs sont souvent flous, les combattants affluent vers les commandants qui peuvent offrir les meilleures armes, quel que soit leur message politique. Il est encore trop tôt pour dire qui pourrait finalement l'emporter.
Le secrétaire d'État américain John Kerry a déclaré en septembre 2013 que les extrémistes islamistes ne représentent que 15 à 25% des forces rebelles. Une étude de Jane’s Defence publiée en même temps estimait à 10 000 le nombre de «jihadistes» liés à Al-Qaïda, dont 30 à 35 000 autres «islamistes purs et durs» qui, tout en n'étant pas officiellement alignés sur Al-Qaïda, partagent une vision idéologique similaire.
La principale différence entre les deux groupes est que même si «djihadistes»Voient la lutte contre Assad dans le cadre d'un conflit plus large contre les chiites (et, finalement, l'Occident), d'autres islamistes se concentrent uniquement sur la Syrie.
Pour compliquer les choses, les deux unités rebelles qui revendiquent la Al-Quaïda bannière - Front Al Nusra et État islamique d'Irak et du Levant - ne sont pas en termes amicaux. Alors que les factions rebelles les plus modérées concluent des alliances avec des groupes liés à Al-Qaïda dans certaines parties du pays, dans d'autres régions, la tension et les combats entre groupes rivaux augmentent.
En ce qui concerne le financement et les armes, chaque groupe rebelle est autonome. Les principales lignes d'approvisionnement partent de partisans de l'opposition syrienne basés en Turquie et au Liban. Les milices les plus prospères qui contrôlent de vastes étendues de territoire perçoivent des «taxes» auprès des entreprises locales pour financer leurs opérations et sont plus susceptibles de recevoir des dons privés.
Mais le groupe islamiste intransigeant peut également se rabattre sur les réseaux jihadistes internationaux, y compris les sympathisants riches des pays arabes du Golfe. Cela désavantage considérablement les groupes laïques et les islamistes modérés.
L'opposition syrienne est soutenu par l'Arabie saoudite, Le Qatar et la Turquie, mais les États-Unis ont jusqu'à présent mis un frein aux expéditions d'armes aux rebelles à l'intérieur de la Syrie, en partie par crainte qu'ils ne tombent entre les mains de groupes extrémistes. Si les États-Unis décident de renforcer leur implication dans le conflit, ils devront sélectionner les rebelles à la main des commandants auxquels il peut faire confiance, ce qui ne fera qu’enflammer la confrontation entre rebelles rivaux unités.