Les composés moléculaires contiennent deux ou plusieurs non métalliques (pas l'ion ammonium). Habituellement, vous pouvez reconnaître un composé moléculaire car le premier élément du nom du composé est un non-métal. Certains composés moléculaires contiennent de l'hydrogène, cependant, si vous voyez un composé qui commence par "H", vous pouvez supposer qu'il s'agit d'un acide et non d'un composé moléculaire. Les composés constitués uniquement de carbone avec de l'hydrogène sont appelés hydrocarbures. Les hydrocarbures ont leur propre nomenclature spéciale, ils sont donc traités différemment des autres composés moléculaires.
Les non-métaux peuvent se combiner dans une variété de rapports, il est donc important que le nom d'un composé moléculaire indique combien d'atomes de chaque type d'élément sont présents dans le composé. Ceci est accompli en utilisant des préfixes. S'il n'y a qu'un seul atome du premier élément, aucun préfixe n'est utilisé. Il est habituel de préfixer le nom d'un atome du deuxième élément avec mono-. Par exemple, le CO est appelé monoxyde de carbone plutôt que oxyde de carbone.
Vous pouvez écrire la formule d'un composé covalent à partir de son nom en écrivant les symboles des premier et deuxième éléments et en traduisant les préfixes en indices. Par exemple, l'hexafluorure de xénon serait écrit XF6. Il est courant que les élèves aient du mal à écrire des formules à partir de noms de composés car les composés ioniques et les composés covalents sont souvent confondus. Vous n'équilibrez pas les charges de composés covalents; si le composé ne contient pas de métal, n'essayez pas d'équilibrer cela!