Parmi les nombreux choix, ces cinq taches sont les plus courantes, à commencer par le bromure d'éthidium, qui est le plus utilisé. Lorsque vous travaillez avec ce processus, il est important de connaître non seulement les différences entre les taches, mais les risques inhérents pour la santé.
Le bromure d'éthidium est probablement le colorant le plus connu utilisé pour visualiser l'ADN. Il peut être utilisé dans le mélange de gel, le tampon d'électrophorèse ou pour colorer le gel après son passage.
Les molécules du colorant adhèrent aux brins d'ADN et fluorescent sous la lumière UV, vous montrant exactement où se trouvent les bandes dans le gel. Malgré son avantage, l'inconvénient est que le bromure d'éthidium est un cancérogène potentiel, il doit donc être manipulé avec grand soin.
Le colorant SYBR Gold peut être utilisé pour colorer l'ADN double ou simple brin ou pour colorer l'ARN. SYBR Gold est apparu sur le marché comme l'une des premières alternatives au bromure d'éthidium et est considéré comme plus sensible.
Parce que la fluorescence de la molécule non liée est si faible, la décoloration n'est pas nécessaire. Les sondes moléculaires titulaires d'une licence ont également (depuis le lancement de SYBR Gold) développé et commercialisé SYBR Safe et SYBR Green, qui sont des alternatives plus sûres au bromure d'éthidium.
Les colorations SYBR Green I et II (là encore, commercialisées par Molecular Probes) sont optimisées pour différentes applications. Parce qu'ils se lient à l'ADN, ils sont toujours considérés comme des mutagènes potentiels et à cause de cela, ils doivent être manipulés avec soin.
SYBR Green I est plus sensible pour une utilisation avec de l'ADN double brin, tandis que SYBR Green II, d'autre part, est meilleur pour une utilisation avec de l'ADN ou de l'ARN simple brin. Comme la tache populaire de bromure d'éthidium, ces taches très sensibles sont fluorescentes sous la lumière UV.
Les deux SYBR Green I et II sont recommandés par le fabricant pour être utilisés avec "Polaroid 667 épi-illumination 254 nm noir et un film blanc et un filtre photographique de coloration au gel SYBR Green "pour obtenir la détection de 100 pg d'ARN ou d'ADN simple brin par bande.
SYBR Safe a été conçu pour être une alternative plus sûre au bromure d'éthidium et aux autres teintures SYBR. Il n'est pas considéré comme un déchet dangereux et peut généralement être éliminé par les réseaux d'égouts ordinaires (c'est-à-dire dans les égouts), car les tests de toxicité indiquent qu'il n'y a pas de toxicité aiguë.
Test également indique il y a peu ou pas de génotoxicité sur les cellules d'embryon de hamster syrien (SHE), les lymphocytes humains, les cellules de lymphome de souris, ou notées dans le test AMES. La tache peut être utilisée avec un transilluminateur à lumière bleue qui provoque moins de dommages à l'ADN visualisé et offre une meilleure efficacité pour un clonage ultérieur.
C'est également un bon choix si vous utilisez des gels à bas point de fusion pour récupérer l'ADN. Il est très stable à des températures élevées et a une très faible fluorescence en soi, mais est très fluorescent lorsqu'il est lié à l'ADN. Il a également été démontré qu’Eva Green avait une cytotoxicité très faible ou nulle ou mutagénicité.